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1.11 版本中 fastmath 错误

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当使用 Clojure 1.11 编译（通过 athos/clj-check）一些使用 org.clojure/math.combinatorics 的代码时，我遇到了以下异常。同样的代码在使用 Clojure 1.10.3 时编译正常，没有任何警告或错误。

这是预期的吗？

{:clojure.main/message
 "Execution error (IllegalStateException) at fastmath.stats$median_absolute_deviation$fn__3484/invokePrim (stats.clj:227).\nAttempting to call unbound fn: #'fastmath.core/abs\n",
 :clojure.main/triage
 {:clojure.error/class java.lang.IllegalStateException,
  :clojure.error/line 227,
  :clojure.error/cause
  "Attempting to call unbound fn: #'fastmath.core/abs",
  :clojure.error/symbol
  fastmath.stats$median_absolute_deviation$fn__3484/invokePrim,
  :clojure.error/source "stats.clj",
  :clojure.error/phase :execution},
 :clojure.main/trace
 {:via
  [{:type clojure.lang.Compiler$CompilerException,
    :message
    "Syntax error macroexpanding at (fastmath/stats.clj:499:1).",
    :data
    {:clojure.error/phase :execution,
     :clojure.error/line 499,
     :clojure.error/column 1,
     :clojure.error/source "fastmath/stats.clj"},
    :at [clojure.lang.Compiler load "Compiler.java" 7665]}
   {:type java.lang.IllegalStateException,
    :message "Attempting to call unbound fn: #'fastmath.core/abs",
    :at [clojure.lang.Var$Unbound throwArity "Var.java" 45]}],
  :trace
  [[clojure.lang.Var$Unbound throwArity "Var.java" 45]
   [clojure.lang.AFn invoke "AFn.java" 32]
   [fastmath.stats$median_absolute_deviation$fn__3484
    invokePrim
    "stats.clj"
    227]
   [fastmath.stats$median_absolute_deviation$fn__3484
    invoke
    "stats.clj"
    -1]
   [clojure.core$map$fn__5935 invoke "core.clj" 2772]
   [clojure.lang.LazySeq sval "LazySeq.java" 42]
   [clojure.lang.LazySeq seq "LazySeq.java" 51]
   [clojure.lang.RT seq "RT.java" 535]
   [clojure.lang.Numbers double_array "Numbers.java" 1259]
   [fastmath.core$seq__GT_double_array invokeStatic "core.clj" 1031]
   [fastmath.core$seq__GT_double_array invoke "core.clj" 1024]
   [fastmath.stats$percentile invokeStatic "stats.clj" 111]
   [fastmath.stats$percentile invokePrim "stats.clj" -1]
   [fastmath.stats$median invokeStatic "stats.clj" 169]
   [fastmath.stats$median invokePrim "stats.clj" -1]
   [fastmath.stats$median_absolute_deviation
    invokeStatic
    "stats.clj"
    227]
   [fastmath.stats$median_absolute_deviation invokePrim "stats.clj" -1]
   [fastmath.stats$stats_map invokeStatic "stats.clj" 472]
   [fastmath.stats$stats_map invoke "stats.clj" 454]
   [fastmath.stats$stats_map invokeStatic "stats.clj" 459]
   [fastmath.stats$stats_map invoke "stats.clj" 454]
   [fastmath.stats$eval3559 invokeStatic "stats.clj" 499]
   [fastmath.stats$eval3559 invoke "stats.clj" 499]
   [clojure.lang.Compiler eval "Compiler.java" 7194]
   [clojure.lang.Compiler load "Compiler.java" 7653]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 381]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 372]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 459]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 424]
   [clojure.core$load$fn__6908 invoke "core.clj" 6161]
   [clojure.core$load invokeStatic "core.clj" 6160]
   [clojure.core$load doInvoke "core.clj" 6144]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 408]
   [clojure.core$load_one invokeStatic "core.clj" 5933]
   [clojure.core$load_one invoke "core.clj" 5928]
   [clojure.core$load_lib$fn__6850 invoke "core.clj" 5975]
   [clojure.core$load_lib invokeStatic "core.clj" 5974]
   [clojure.core$load_lib doInvoke "core.clj" 5953]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 142]
   [clojure.core$apply invokeStatic "core.clj" 669]
   [clojure.core$load_libs invokeStatic "core.clj" 6016]
   [clojure.core$load_libs doInvoke "core.clj" 6000]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 137]
   [clojure.core$apply invokeStatic "core.clj" 669]
   [clojure.core$require invokeStatic "core.clj" 6038]
   [clojure.core$require doInvoke "core.clj" 6038]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 703]
   [clojure2d.color$eval1064$loading__6789__auto____1065
    invoke
    "color.clj"
    1]
   [clojure2d.color$eval1064 invokeStatic "color.clj" 1]
   [clojure2d.color$eval1064 invoke "color.clj" 1]
   [clojure.lang.Compiler eval "Compiler.java" 7194]
   [clojure.lang.Compiler eval "Compiler.java" 7183]
   [clojure.lang.Compiler load "Compiler.java" 7653]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 381]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 372]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 459]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 424]
   [clojure.core$load$fn__6908 invoke "core.clj" 6161]
   [clojure.core$load invokeStatic "core.clj" 6160]
   [clojure.core$load doInvoke "core.clj" 6144]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 408]
   [clojure.core$load_one invokeStatic "core.clj" 5933]
   [clojure.core$load_one invoke "core.clj" 5928]
   [clojure.core$load_lib$fn__6850 invoke "core.clj" 5975]
   [clojure.core$load_lib invokeStatic "core.clj" 5974]
   [clojure.core$load_lib doInvoke "core.clj" 5953]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 142]
   [clojure.core$apply invokeStatic "core.clj" 669]
   [clojure.core$load_libs invokeStatic "core.clj" 6016]
   [clojure.core$load_libs doInvoke "core.clj" 6000]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 137]
   [clojure.core$apply invokeStatic "core.clj" 669]
   [clojure.core$require invokeStatic "core.clj" 6038]
   [clojure.core$require doInvoke "core.clj" 6038]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 619]
   [clojure2d.core$eval1056$loading__6789__auto____1057
    invoke
    "core.clj"
    1]
   [clojure2d.core$eval1056 invokeStatic "core.clj" 1]
   [clojure2d.core$eval1056 invoke "core.clj" 1]
   [clojure.lang.Compiler eval "Compiler.java" 7194]
   [clojure.lang.Compiler eval "Compiler.java" 7183]
   [clojure.lang.Compiler load "Compiler.java" 7653]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 381]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 372]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 459]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 424]
   [clojure.core$load$fn__6908 invoke "core.clj" 6161]
   [clojure.core$load invokeStatic "core.clj" 6160]
   [clojure.core$load doInvoke "core.clj" 6144]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 408]
   [clojure.core$load_one invokeStatic "core.clj" 5933]
   [clojure.core$load_one invoke "core.clj" 5928]
   [clojure.core$load_lib$fn__6850 invoke "core.clj" 5975]
   [clojure.core$load_lib invokeStatic "core.clj" 5974]
   [clojure.core$load_lib doInvoke "core.clj" 5953]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 142]
   [clojure.core$apply invokeStatic "core.clj" 669]
   [clojure.core$load_libs invokeStatic "core.clj" 6016]
   [clojure.core$load_libs doInvoke "core.clj" 6000]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 137]
   [clojure.core$apply invokeStatic "core.clj" 669]
   [clojure.core$require invokeStatic "core.clj" 6038]
   [clojure.core$require doInvoke "core.clj" 6038]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 421]
   [gravity.gui$eval1048$loading__6789__auto____1049
    invoke
    "gui.clj"
    20]
   [gravity.gui$eval1048 invokeStatic "gui.clj" 20]
   [gravity.gui$eval1048 invoke "gui.clj" 20]
   [clojure.lang.Compiler eval "Compiler.java" 7194]
   [clojure.lang.Compiler eval "Compiler.java" 7183]
   [clojure.lang.Compiler load "Compiler.java" 7653]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 381]
   [clojure.lang.RT loadResourceScript "RT.java" 372]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 459]
   [clojure.lang.RT load "RT.java" 424]
   [clojure.core$load$fn__6908 invoke "core.clj" 6161]
   [clojure.core$load invokeStatic "core.clj" 6160]
   [clojure.core$load doInvoke "core.clj" 6144]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 408]
   [clj_check.check$check_ns invokeStatic "check.clj" 15]
   [clj_check.check$check_ns invoke "check.clj" 9]
   [clojure.core$map$fn__5931$fn__5932 invoke "core.clj" 2759]
   [clojure.lang.TransformerIterator
    step
    "TransformerIterator.java"
    79]
   [clojure.lang.TransformerIterator
    hasNext
    "TransformerIterator.java"
    97]
   [clojure.lang.RT chunkIteratorSeq "RT.java" 517]
   [clojure.core$sequence invokeStatic "core.clj" 2679]
   [clojure.core$sequence invoke "core.clj" 2664]
   [clj_check.check$check invokeStatic "check.clj" 25]
   [clj_check.check$check invoke "check.clj" 19]
   [clj_check.check$_main invokeStatic "check.clj" 33]
   [clj_check.check$_main doInvoke "check.clj" 32]
   [clojure.lang.RestFn invoke "RestFn.java" 397]
   [clojure.lang.AFn applyToHelper "AFn.java" 152]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 132]
   [clojure.lang.Var applyTo "Var.java" 705]
   [clojure.core$apply invokeStatic "core.clj" 667]
   [clojure.main$main_opt invokeStatic "main.clj" 514]
   [clojure.main$main_opt invoke "main.clj" 510]
   [clojure.main$main invokeStatic "main.clj" 664]
   [clojure.main$main doInvoke "main.clj" 616]
   [clojure.lang.RestFn applyTo "RestFn.java" 137]
   [clojure.lang.Var applyTo "Var.java" 705]
   [clojure.main main "main.java" 40]],
  :cause "Attempting to call unbound fn: #'fastmath.core/abs",
  :phase :execution}}

有问题的代码在此处 这里，可以通过命令行中 deps.edn 中的 Clojure 版本在 1.10.3 和 1.11.0 之间切换，然后执行 clj -M:check 来演示这个问题。

此外，这是在 OpenJDK 运行时环境 Temurin-17.0.2+8（构建 17.0.2+8）和 macOS 12.3（64位 Intel）上发生的，如果这个信息有帮助。

4 个答案

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更简单的说明性示例

clj -Sdeps '{:deps {org.clojure/clojure {:mvn/version "1.11.0"} clojure2d/clojure2d {:mvn/version "1.4.3"}}}'

;; then
(require '[clojure2d.core :as c2d] :verbose)

产生

user=> (require '[clojure2d.core :as c2d])
WARNING: abs already refers to: #'clojure.core/abs in namespace: fastmath.core, being replaced by: #'fastmath.core/abs
Warning: protocol #'fastmath.protocols/VectorProto is overwriting function abs
WARNING: abs already refers to: #'clojure.core/abs in namespace: fastmath.protocols, being replaced by: #'fastmath.protocols/abs
Reflection warning, fastmath/kernel.clj:72:1 - call to static method divide on fastmath.java.PrimitiveMath can't be resolved (argument types: unknown, double).

.... large number of similar reflection warnings elided
... slf4j warnings elided

Execution error (IllegalStateException) at fastmath.stats$median_absolute_deviation$fn__2570/invokePrim (stats.clj:227).
Attempting to call unbound fn: #'fastmath.core/abs

更新到 fastmath 的最新版本似乎可以解决绝对值碰撞问题。

clj -Sdeps '{:deps {org.clojure/clojure {:mvn/version "1.11.0"} clojure2d/clojure2d {:mvn/version "1.4.3"} generateme/fastmath {:mvn/version "2.1.6"}}}'

通常情况下，如果库中存在相同的函数，向核心添加新函数只会引发警告而不是错误。我认为这里不同之处在于 fastmath.protocols 声明了一个 abs 函数，以及 fastmath.core 执行的变量交换。我还没有完全理解这些动作的顺序，但是在上一版 fastmath 中添加的核心排除似乎避免了这个问题。

因此，这里添加一个更具体的 fastmath 版本就足够修复问题，但 clojure2d 也应该更新。

由
由
谢谢！在我等待 Clojure2D 更新时，我将强行使用新的 fastmath 版本。
由
完成！已发布 Fastmath 2.1.8 和 Clojure2d 1.4.4。
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由
编辑 由

感谢所有人的调查。的确，我忽略了更新原始数学路径的排除列表。这已经在 fastmath 2.1.8 和 Clojure2d 1.4.4 中修复。

$ clj -Sdeps '{:deps {org.clojure/clojure {:mvn/version "1.11.0"} clojure2d/clojure2d {:mvn/version "1.4.4"}}}'
Clojure 1.11.0
(require '[clojure2d.core :as c2d] '[clojure2d.color :as c])
nil
((c/gradient [:red :blue]) 0.5)
#vec4 [127.5, 0.0, 127.5, 255.0]
user=>
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由

使用Clojure 1.10.3，您会得到以下结果：

clj -Sforce -M:check

只想确认您在比较中没有获得缓存中的类路径。几乎看起来像某种依赖问题。

此外，您可以发布：

clj -X:deps tree :aliases ‘[:check]’

（您需要相对较新的CLI才能做到这一点）

由
编辑 由
在我看来，这不是本地缓存问题，因为我是第一次在项目升级到Clojure 1.11后知道GitHub Action失败。

[编辑] 确定`clj -Sforce -M:check`以相同的错误失败。以及`clj -X:deps tree :aliases '[:check]'`的输出

org.clojure/clojure 1.11.0
  . org.clojure/spec.alpha 0.3.218
  . org.clojure/core.specs.alpha 0.2.62
clojure2d/clojure2d 1.4.3
  . generateme/fastmath 2.1.5
    . net.jafama/jafama 2.3.1
    . org.apache.commons/commons-math3 3.6.1
    . com.github.haifengl/smile-interpolation 2.6.0
      . com.github.haifengl/smile-math 2.6.0
        X org.slf4j/slf4j-api 1.7.30 :older-version
    . com.github.haifengl/smile-core 2.6.0
      . com.github.haifengl/smile-data 2.6.0
        . com.github.haifengl/smile-math 2.6.0
      . com.github.haifengl/smile-math 2.6.0
        . com.github.haifengl/smile-graph 2.6.0
        . com.github.haifengl/smile-math 2.6.0
        . com.github.haifengl/smile-mkl 2.6.0
      . com.github.haifengl/smile-math 2.6.0
          . org.bytedeco/mkl-platform 2020.3-1.5.4
          . org.bytedeco/javacpp-platform 1.5.4
          . org.bytedeco/mkl 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$linux-x86 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$linux-x86_64 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$macosx-x86_64 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$windows-x86 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$windows-x86_64 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl-platform-redist 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/mkl-platform 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$linux-x86-redist 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$linux-x86_64-redist 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$macosx-x86_64-redist 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
            . org.bytedeco/mkl$windows-x86-redist 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
        org.bytedeco/mkl$windows-x86_64-redist 2020.3-1.5.4
            . org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng-platform 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas-platform 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$linux-x86 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$linux-x86_64 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$linux-armhf 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$linux-arm64 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$linux-ppc64le 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$macosx-x86_64 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$windows-x86 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/arpack-ng$windows-x86_64 3.7.0-1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas-platform 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp-platform 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$android-arm 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$android-arm64 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$android-x86 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$android-x86_64 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$ios-arm64 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$ios-x86_64 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$linux-armhf 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$linux-arm64 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$linux-ppc64le 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$linux-x86 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$linux-x86_64 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$macosx-x86_64 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$windows-x86 1.5.4
    org.bytedeco/javacpp$windows-x86_64 1.5.4
    org.bytedeco/openblas 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/openblas$android-arm 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$android-arm64 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$android-x86 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$android-x86_64 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$ios-arm64 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$ios-x86_64 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$linux-x86 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$linux-x86_64 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    org.bytedeco/openblas$linux-armhf 0.3.10-1.5.4
    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
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    org.bytedeco/javacpp 1.5.4
    de.sciss.jwave 1.0.3
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    org.apache.xmlgraphics.batik-awt-util 1.14
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    org.apache.xmlgraphics.batik-awt-util 1.14
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      . org.apache.xmlgraphics/batik-util 1.14
    . org.apache.xmlgraphics/batik-util 1.14
      . org.apache.xmlgraphics/batik-constants 1.14
    org.apache.xmlgraphics.batik-shared-resources 1.14
      . org.apache.xmlgraphics/batik-i18n 1.14
    org.apache.xmlgraphics.batik-shared-resources 1.14
      . org.apache.xmlgraphics/batik-shared-resources 1.14
    . org.apache.xmlgraphics/batik-xml 1.14
      . org.apache.xmlgraphics/batik-shared-resources 1.14
      . org.apache.xmlgraphics/batik-util 1.14
    . xml-apis/xml-apis-ext 1.3.04
org.clojure/math.combinatorics 0.1.6
ch.qos.logback/logback-classic 1.2.11
  . ch.qos.logback/logback-core 1.2.11
  . org.slf4j/slf4j-api 1.7.32
com.github.athos/clj-check https://github.com/athos/clj-check.git 518d5a1
  . timofreiberg/bultitude 0.3.1
    . org.clojure/java.classpath 0.3.0
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由

clj-check 不带条件地加载可能已经被加载的代码，这可能会引起类似这样的奇怪行为。可能是通过切换 clojure 版本来改变加载顺序。

理想情况下，clj-check 应该使用 require 代替 load（因为它始终是以命名空间开始的）以避免任何双重复制加载。

Fastmath 进行了一些操作（https://github.com/generateme/fastmath/blob/master/src/fastmath/core.clj#L1364），这让它对双重复制加载非常敏感。

by
我注意到 fastmath 中的 `vars-to-exclude` 没有包含 `abs`，而 `abs` 现在已经存在于 Clojure Core 的 1.11 版本中了。
由 Cognitect 维护，代表 Clojure 社区
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